看见卡洛斯地区的黑暗盟领导，消失在原地。
赵凡只能干瞪眼。
出去了之后，赵凡在卡洛斯地区休整了一天就又准备出发了。
赵凡立马召唤出快龙，准备前往阿罗拉地区去寻找黑暗盟的线索。
快龙驮着赵凡在天空中快速飞行，很快便抵达了阿罗拉地区。
刚一落地，赵凡就感受到了这里独特的氛围。
阿罗拉地区的宝可梦们形态各异，充满了新奇感。
赵凡开始四处打听黑暗盟的消息，然而却一无所获。
就在他有些沮丧的时候，突然遇到了一位神秘的老者。
老者看着赵凡，眼中闪过一丝深意，说道：“年轻人，你在寻找黑暗盟？
我知道一些线索，但你要帮我完成一件事。”
赵凡毫不犹豫地答应了。
原来，老者拜托他去拯救被邪恶势力困住的几只珍稀宝可梦。
赵凡带着快龙和其他宝可梦，迅速赶到了事发地点。
经过一番激烈的战斗，他成功解救了那些宝可梦。
老者十分感激，便告诉赵凡，黑暗盟近期在阿罗拉地区的一处废弃工厂有活动。
赵凡谢过老者后，立刻带着宝可梦朝着废弃工厂赶去，一场新的挑战即将来临。
赵凡按照老者给的线索发现废弃的工厂有大型机器的响声，就知道方位没有找错，赵凡小心谨慎的往前移动，不敢发出特别大的声音，因为他不知道黑暗盟的人，在这个废弃的工厂研究改造神奇宝贝到底是什么实力的。
当他靠近工厂大门时，突然一道强光射来，紧接着一群改造后的宝可梦冲了出来。
它们眼神冰冷，身上散发着诡异的气息，显然经过了残酷的改造。
快龙率先迎战，它怒吼一声，用翅膀扇起强大的气流，将部分改造宝可梦吹飞。
但更多的改造宝可梦围了过来，攻击愈发猛烈。
赵凡见状，连忙指挥其他宝可梦加入战斗。
皮卡丘释放出十万伏特，妙蛙种子发射出能量球，一时间场面混乱不堪。
就在战斗胶着之时，黑暗盟的首领现身了，身边还跟着一只的改造融合阿罗拉地区神兽卡噗鳍鳍（原版卡噗鳍鳍拥有进化心灵的能力的特别之水，改造的卡噗鳍鳍拥有控制心灵的能力的特别之水）的基因的改造神兽，。
这只卡噗鳍鳍浑身散发着黑色的光芒，眼睛闪烁着邪异的红光，实力看上去深不可测。
首领冷笑一声：“就凭你们也敢来捣乱。”
赵凡握紧拳头，眼神坚定，他知道这场硬仗才刚刚开始，必须全力以赴才能揭开黑暗盟的阴谋。
而且不能让这只卡噗鳍鳍使用心灵之水，会使神奇宝贝被控制，变成邪恶的神奇宝贝（神兽也只能短暂的压制心灵之水的能力（三级神）二级神被控制的几率只有百分之五十，一级神百分之二十的几率）。
赵凡深知局势危急，大声喊道：“大家集中火力，先阻止那只改造卡噗鳍鳍！”快龙猛地冲向卡噗鳍鳍，试图用龙之爪打乱它施法节奏。
皮卡丘则不断释放高压电击，干扰其行动。
然而，该造卡噗鳍鳍异常灵活，轻松躲开攻击，随后张嘴喷出一股黑色的心灵之水。
妙蛙种子首当其冲，瞬间身体一颤，眼神变得呆滞，转而攻击己方队友。
赵凡心急如焚，这时他突然想到快龙身为准神，或许能短暂抵抗控制。
他急忙命令快龙撞开妙蛙种子，并趁机扔出精灵球收回妙蛙种子。
接着，赵凡让皮卡丘和快龙配合，利用速度优势分散卡噗鳍鳍注意力。
趁此间隙，他拿出钢铁海龙兽的特别之水注入精灵球，再次放出妙蛙种子，解除了它的控制状态。
三只宝可梦重新联手，向卡噗鳍鳍发起更猛烈进攻。
而黑暗盟首领脸上的笑容逐渐消失，紧张地注视着战局变化，一场更为激烈的对决仍在持续……就在战斗陷入白热化时，快龙瞅准时机，一个龙之俯冲撞向卡噗鳍鳍，将它撞得踉跄了几步。
皮卡丘趁机释放出最强的十万伏特，电流如蛇一般缠上卡噗鳍鳍，让它浑身颤抖。
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